Un romitorio dedicato a S. Onofrio fu qui iniziato nel 1419 dal Beato Nicolò da Forca Palena, che acquistò i terreni necessari con l'aiuto di elemosine di vari fedeli, fra i quali i cardinali Gabriele Condulmer (poi Eugenio IV) e Domenico De Cupis. Intorno al 1439 fu iniziata la costruzione della chiesa. Passato il Beato Nicolò con i suoi compagni alla disciplina della Congregazione di S. Gerolamo, fondata dal B. Pietro Gambacorti da Pisa nel 1446, il gerolamino Jacobelli nello stesso anno aprì la strada che dalla Lungara, costeggiando il palazzo Salviati, saliva al santuario (l'attuale via di S. Onofrio). La chiesa fu condotta a termine e decorata nel corso del sec. XVI.
 
    Con motu proprio del 15 agosto 1945 Pio XII concedeva la chiesa e il convento, ove si conservano le memorie del cantore della gesta dei Crociati che lottarono per ridare la libertà al Santo Sepolcro a Gerusalemme, proprio all'Ordine equestre del Santo Sepolcro che però, con il passare dei secoli, ha perduto il suo carattere monastico e militare trasformandosi in una organizzazione laica avente lo scopo precipuo della difesa e diffusione della fede in particolare in Palestina, prescrivendo ai componenti dell'Ordine una intensa vita cristiana. Ad essi è ora riservata parte dell'antico convento con il Museo Tassiano.
 
    Nel 1946, la chiesa e il convento sono stati affidati ai Frati Francescani dell'Atonement, comunità fondata da P. Paolo Wattson nel 1898 a Graymoor (comune di Garrison, New York) con la missione di pregare e operare per l'unità tra i cristiani. P. Paolo iniziò la Settimana di Preghiera per l'unità dei Cristiani, celebrata dalle chiese cristiane nel mondo.
 
    Nel loro Centro Pro Unione a Piazza Navona, i Frati svolgono il loro ministero ecumenico attraverso corsi di ecumenismo, conferenze, stampa e diffusione in Italia del materiale per la Settimana di Preghiera per l'unità dei Cristiani. Dirigono inoltre una biblioteca pubblica specializzata in teologia ecumenica.